Prvý evanjelický kostol v Bratislave sa volal Kostol sv. Trojice a stál na na mieste Armprusterovského domu na Hlavnom námestí vedľa radnice. Bratislavský farár a senior Jozua Wegelin vykonal vysviacku nového kostola 20. decembra 1638. Kostol bol postavený aj z mnohých milodarov evanjelických veriacich z celej Bratislavy. Slúžil predovšetkým nemeckým evanjelikom, ale spočiatku sa v ňom vykonávali i slovenské a maďarské bohoslužby.
Autor architektúry nie je známy. Je však známy tesár Urban Windisch, ktorý v októbri roku 1637 postavil na kostol strechu. Prvý prešporský evanjelický nemecký kostol bol evanjelikom za dramatických okolností 18. júla 1672 odňatý a odovzdaný jezuitom.
Stavba prvého evanjelického slovensko–maďarského kostola bola dokončená v decembri 1658. Slovensko–maďarský zbor mal dovtedy svoju modlitebňu v dome na dnešnej Obchodnej ulici. Výstavbu kostola i s vežou na ulici Windeseile (Veterná ulička, dnešná Uršulínska) významne podporoval i mestský richtár Andreas Segner. Okrem evanjelických občanov Bratislavy pomohli financovať túto stavbu aj niektoré rakúske mestá.
Linecký mier zaisťoval rovnaké práva obom konfesiám, ba dovoľoval zriadiť školy a použiť zvony. A tak sa na Vianoce v roku 1658 po prvýkrát rozozvučali v Bratislave zvony z evanjelického kostola.
Kostol však slúžil evanjelickému zboru veľmi krátko. Už v roku 1672 bol slovensko–maďarský kostol evanjelikom odňatý a do správy ho dostal rád uršulínok. Medzi rokmi 1682 a 1776 prešporskí evanjelici používali s cisársko–kráľovským povolením dve modlitebne, artikulárne kostoly, pri terajšej Lýcejnej ulici na nároží Panenskej. Väčší objekt slúžil nemeckým evanjelikom a navonok pripomínal skôr hospodársku stavbu, mal nepravidelný obdĺžnikový pôdorys. Panenskej ulice sa dotýkal kratšou stranou. Druhou krátkou stranou susedil so záhradou kazateľov. Pri záhrade na ňu priamo nadväzovala menšia modlitebňa, v ktorej sa schádzali veriaci hovoriaci po maďarsky a po slovensky.
Stará modlitebňa mala z kameňa murované obvodové múry a vnútorné konštrukcie, na ktorých spočívali po celom obvode empory a krov strechy, boli drevenou tesárskou konštrukciou.